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La muestra de heces se puede tomar en cualquier momento del día, no necesariamente en la mañana o en la noche, lo que debes tener en cuenta, es que una vez recogida dicha muestra, debe ser llevada lo más pronto posible a procesar, ya que de lo contrario, puede alterarse y dar resultados falsos positivos con bacterias y otros elementos anormales. En algunos casos, que las heces son muy líquidas, se recomienda a la madre, colocar el pañal al revés, es decir, con la cara absorbente hacia afuera, para que en el plástico quede todo el contenido de las heces y se aporte un resultado más certero.
Con respecto al hábito evacuatorio, es difícil instaurarlo si el bebé es muy pequeño, sin embargo, realizando estimulación anal con un termómetro por ejemplo, pudiera ser que este evacué en el momento, porque si se administra por ejemplo un laxante, se alteraría el cuadro del paciente.
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