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No pasa nada, a pesar de que tienen diferente nombre el desogestrel y el levonorgestrel hacen parte de la misma familia (las progestinas). Tienen el mismo efecto y por tal motivo no pierde la eficacia porque cumplen la misma función.
La recomendación que te doy es que cuando realices el cambio de pastillas, entonces la primera semana uses preservativo para brindar mayor seguridad.
Espero haber sido de ayuda, cualquier otra inquietud no dudes en escribirnos nuevamente.