Se debe tomar una muestra de la primera deposición del día. Para ello se utiliza un frasco de tapa ancha que se puede comprar en farmacias. Algunos vienen con una pequeña pala de recolección para colocarlo dentro, pero también se puede usar un baja lenguas para tal fin. La deposición se puede hacer cubriendo con una bolsa plástica tensa el orificio del inodoro hasta defecar una muestra pequeña inicial, que luego se recogerá con la pala y se colocará en el envase, se cierra el envase y se lleva al laboratorio previamente rotulado con el nombre, el documento de identificación del paciente y la fecha de toma. Otras pautas específicas pueden ser dadas por el laboratorio cuando se pregunte por el estudio.