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No, no es normal que un bebé de tres meses tenga manchas de sangre en la materia fecal, esto puede deberse a infecciones o a alteraciones en la estructura del intestino así que le recomiendo que lo lleve a consulta por urgencias para que reciba una evaluación completa y se le soliciten los exámenes necesarios para llegar a la causa de estos síntomas y que reciba el tratamiento adecuado.
Espero que la respuesta haya sido de utilidad, no dude en escribirnos si tiene alguna otra pregunta.