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Te recetó esos medicamentos porque está sospechando una afección de otro tipo de microorganismos de tipo respiratorio, no de transmisión sexual.
Normalmente las enfermedades de trasmisión sexual no se manifiestan en tan poco tiempo y no con esos síntomas.
El aciclovir fue recetado para prevenir una infección de origen viral, la amoxicilina es para prevenir lo mismo pero de origen bacteriano; continua de forma normal el tratamiento y si presentas alguna complicación o empeoramiento el cuadro, acude de nuevamente con el médico y comenta ésto.
Te sugiero evitar contacto sexual en éste momento para evitar una sobre infección con más microorganismos a los ya existentes.
Un placer ayudarte y quedo al pendiente de tu siguiente pregunta.