Estoy tomando anticonceptivos y ayer tome la pastilla de emergencia y he tenido ligeros manchados de flujo marrón pegosteoso , puede ser que sea un reflejo de menstruacion ?

El manchado irregular que refieres muy probablemente sea secundario es al consumo de la píldora de emergencia, dado su elevada carga hormonal. También puedes presentar:

• Alteraciones menstruales.
• Dolor abdominal.
• Dolor de cabeza.
• Sensibilidad mamaria.
• Nauseas y vómito.
• Fatiga.
• Cambios de humor. 

Mientras consumas diariamente y a la misma hora tus píldoras anticonceptivas, te encuentras bajo su protección, por lo cual, NO resulta necesario el consumo de las píldoras de emergencia, las cuales se encuentran indicadas es cuando se mantienen relaciones sexuales sin ningún tipo de protección o cuando ocurre fallo del anticonceptivo habitual. 

Ten presente que las píldoras anticonceptivas no protegen frente a enfermedades de transmisión sexual, por lo cual te sugiero el uso adicional de preservativos. 

Espero haber aclarado tu duda, ante cualquier nueva inquietud, estaremos atentos. No olvides calificarnos.