En la ecografía de tercer nivel o de detalle anatómico avanzado, se comprueba la existencia de todos los órganos fetales y se descartan anomalías en la estructura anatómica. Este estudio incluye la evaluación de la anatomía cardíaca y de grandes vasos y en general de todas las estructuras del feto, visualizadas de forma exhaustiva. Además se evalúa el líquido amniótico, la placenta, el útero, y se hacen las mediciones de algunas partes fetales para establecer si el feto crece en forma adecuada.