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Si es confiable una prueba de embarazo a los 21 días en un 99.9%, por la situación que describes la posibilidad de un embarazo es muy baja y se puede descartar el embarazo por la prueba de embarazo que realizaste.
as causas de alteración menstrual pueden ir desde el estrés, los cambios en la alimentación, ejercicio, uso de anticonceptivos, hay unas causas que deben estudiarse que ocasionan alteración menstrual como alteraciones hormonales como Síndrome de ovario poliquistico, hipotiroidismo, hiperprolactinemia, uso de anticonceptivos de emergencia y otros, sin embargo solo se sospechan si los periodos son irregulares por varios ciclos, un solo ciclo fuera de lo normal no es causa de preocupación, te pido que realices un diario en donde apuntaras el día de la regla, cuantos días duro, si fue abundante o escaso el sangrado y si hubo dolor menstrual, esto te servirá y nos servirá para observar si hay cambios y si salen del rango que se considera normal.
Estaré al pendiente de tus dudas.