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Lo mas probable es que se trate de un efecto normal del implante subdérmico, como bien lo dijiste, produce irregularidade en el periodo, ya que se trata de una terapia que secreta hormonas en bajas cantidades que lo que hacen es impedir que ovules.
La probabilidad de que estés embarazada es muy baja, casi nula, ya que llevas un buen periodo de tiempo utilizando dicho método, además su efectividad es alta, en un año solo 1 de cada 100 mujeres que lo usaron quedó embarazada. Sin embargo, no quiere decir que sea imposible.
Por tal motivo te recomiendo que si crees que puedes estar embarazada, te realices una prueba de embarazo ya sea en sangre, 10 a 14 días después de la relación a riesgo, o en orina 1 semana después del retraso.
Por ultimo, recuerda que éste método de planificación no protege frente al contagio de enfermedades de transmisión sexual como el VIH, por lo que siempre es recomendable usar durante todas las relaciones métodos de barrera como el condón.
Espero haberte sido de ayuda, si tienes otras preguntas no dudes en hacérnoslas saber.