No existen en este momento reportadas complicaciones a largo plazo por el uso de omeprazol. Puede existir presencai de diarreas o alteracion en la absorcion de algunos nutrientes pero nada de severidad mayor.
Por otro lado, este medicamento no suele tomarse de forma continua y suele darse por ciclos de tiempo. Le sugiero resolver estas dudas con su gastroenterologo tratante.