¿nistatina afecta bacterias benéficas de la boca?

Como bien lo dices es un antimicótico, es decir que su mecanismo de acción es en contra de hongos y levaduras, NO TIENE ningún efecto sobre las bacterias ya sean estas buenas o malas.

Deberás utilizarla por el tiempo que dijo tu médico de cabecera con el fin de erradicar el hongo y no crear resistencia.

Espero haber sido de ayuda, cualquier otra inquietud no dudes en escribirnos nuevamente.