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Se podría afirmar que la diferencia es que el urólogo funcional puede tener más experticia en el área de condiciones asociadas a disfunciones del sistema urinario, como por ejemplo la incontinencia urinaria y su función radica en que se dedica principalmente a este tipo de condiciones. Sin embargo esto no significa que un urólogo "general" no tenga la capacidad para atender alguno de estos casos. Estas denominaciones se generan el la medicina ya que se forman grupos de profesionales que se dedican al estudio y tratamiento de ciertas condiciones y por ejemplo en este caso se conformó esta denominación para denotar a que área de la urología se dedican.
Espero haber sido de tu ayuda.