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Las guías de la organización mundial de la salud para la prescripción de medicamentos anticonceptivos orales indican que cuándo hay diarrea (no hacen referencia a un número específico de deposiciones al día) que persiste por 2 días o más, puede haber disminución del efecto anticonceptivo por disminución de la absorción.
Dado que tu pareja ha presentado diarrea por 2 días, si podría interferir con el anticonceptivo, en éste caso se recomienda hacer uso de un anticonceptivo adicional cómo el preservativo, el cuál tiene una efectividad mayor al 99% siempre que se use de forma adecuada y no presente accidentes cómo roturas ni derrames.
Si no te sientes cómodo con éste dispositivo porque crees que no es lo suficientemente seguro, te sugiero evitar la actividad sexual por los 7 días siguientes a la desaparición de la diarrea, para que la efectividad anticonceptiva de las pastillas se restablezca.
Espero haber podido orientarte y ayudarte.