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La amoxicilina es un medicamento antibiótico que tiene la capacidad de interactuar con el anticonceptivo pudiendo disminuir su efectividad anticonceptiva, aumentando el riesgo de embarazo.
Dado que has presentado tu menstruación por 3 meses consecutivos de forma normal y sin alteraciones (retrasos, etc), ésto es muy sugerente de que efectivamente no te encuentras en embarazo, sin embargo, la única forma de descartar 100% éste cuadro es con una prueba que se encuentre negativa (aunque cómo ya te indiqué, considero que las probabilidades son muy muy bajas).
Espero haber podido ayudarte y orientarte.