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Si, puedes descartar el embarazo.
No existe evidencia que la toma de medicamentos como amoxicilina disminuye el efecto de las pastillas anticonceptivas.
Durante el embarazo las hormonas predominantes en este periodo hacen que el útero no sangre durante todo el tiempo de embarazo, por eso lo correcto es esperar hasta el próximo ciclo menstrual del mes de riesgos para verificar el sangrado. En tu caso llego tu menstruación normal lo que indica que no estas embarazada. No puede existir embarazo y sangrado menstrual al mismo tiempo. Puedes estar tranquila.
Espero te sirva la información, no olvides calificarnos.