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Uno de los efectos adversos más comunes de éste tipo de medicamentos anticonceptivos es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo producir sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, variación de la cantidad de sangrado, entre otros.
Dado que tienes una prueba de embarazo negativa (con un resultado confiable) considero que lo más probable es que tus síntomas estén asociados al anticonceptivo, éste tipo de síntomas pueden persistir por varios meses después de la toma pero no es posible predecir el comportamiento a futuro del ciclo.
Si tu periodo continúa irregular, te sugiero consultar para que un profesional determine si requieres algún tratamiento que ayude a regular tu periodo.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.