Puede ser sintoma de embarazo o que es?

Teniendo en cuenta la situación descrita, iré aclarando una a una tus inquietudes:

• No, la disuria (ardor o dolor durante o posterior a las micciones) no forma parte de los síntomas de embarazo, lo es, el aumento de la frecuencia de las mismas y por lo general se presente es pasadas 4 a 6 semanas de embarazo, lo cual, no es tu caso. 
• El aumento de deseo de orinar asociado con el ardor, son sugestivos de una infección del tracto urinario, ante lo cual, te sugiero la realización de un examen de orina con posterior revisión médica presencial, para determinar la causa e instaurar el manejo apropiado.
• Las molestias que refieres no forman parte de los efectos secundarios del fluconazol; lo son los siguientes: dolor de cabeza, mareos, diarrea, ácidez estomacal, náuseas, vómitos, orina de color oscuro, sarpullido, urticaria, picazón, entre otros. 
• No esta descrito que el fluconazol interfiera con la efectividad del implante anticonceptivo, por lo cual, puedes continuar con su consumo previa prescripción médica. 

Es importante que sepas que bajo el uso del implante, te ofrece una protección cercana al 99%, así ocurra o no eyaculación en el canal vaginal, la cual, no ocurrió en este caso, haciendo aun menores las posibilidades de embarazo.

Ten presente que los implantes anticonceptivos no protegen frente a enfermedades de transmisión sexual, por lo cual, te sugiero el uso adicional de preservativos. 

Espero haber aclarado tu duda, ante cualquier nueva inquietud, estaremos atentos. No olvides calificarnos.