Me aplique el 29/01/19 primera vez , la segunda el 3 de marzo , hoy 1 de Abril me vino el periodo , cuando debo Aplicarme el 3?

No indicas de forma específica a qué medicamento haces referencia, pero en caso de que te refieras al uso de anticonceptivos inyectables, las guías de la organización mundial de la salud para la prescripción de medicamentos anticonceptivos indican que el tiempo que debe transcurrir entre una dósis y otra es de 27-33 días.

Ésto es independiente de tu sangrado menstrual, lo que significa que el medicamento debería ser administrado entre el 30 de marzo al 5 de abril.

Aunque yo te recomiendo establecer un día específico del mes (por ejemplo los 1 de cada mes) para que no se te olvide administrar el medicamento.

Espero haber podido ayudarte y orientarte.