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Si, es poco probable que pasados casi 3 meses de la relación sin protección no se evidencie nada del embrión en la ecografía transvaginal. Para este momento ya debería tener su corazón completamente formado, verse y escucharse en la ecografia. Esto lo soporta el hecho de seguir con tus ciclos menstruales con regularidad y la presencia de dos test negativos.
Te recomiendo que inicies un método anticonceptivo que se acomode a tus necesidades y uses siempre preservativo en cada relación. De esta forma evitarás preocupaciones y tendrás una vida sexual plena y segura.
Espero que haya sido útil la información, estaré atenta a cualquier duda.