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Sí estas usando la inyección de forma adecuada es muy baja la probabilidad de quedar en embarazo, debido a que la efectividad de este medicamento es mayor al 98%, por lo que no considero que estés en embarazo. Sin embargo debes tener en cuenta que uno de los efectos de la inyección es que en algunas mujeres puede alterar los ciclos menstruales, generando disminución del sangrado menstrual, ciclos irregulares e incluso ausencia del periodo, sin que esto implique que estas embarazada o que el medicamento esté fallando.
Mi sugerencia es que si no tienes inconveniente con esta situación, continúes usando tu inyección de forma juiciosa y adicionalmente uses preservativo, así previenes embarazos y enfermedades de transmisión sexual.
Si por el contrario no te sientes cómoda puedes solicitar una cita con tu ginecólogo y evaluar la opción de usar anticonceptivos orales para ayudar a regular nuevamente tus periodos menstruales.
Espero haberte orientado, cualquier otra duda no dudes en contactarnos.