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La respuesta a tu pregunta es no y si, la nistatina es un medicamento indicado para el control de las infecciones causadas por hongos y dado que las aftas bucales usualmente son causadas por herpes (es un virus), la nistatina no a a tener ningún efecto sobre el cuadro clínico, por lo que su uso no está indicado en éste cuadro clínico.
El aciclovir por otro lado, puede ser usado para el manejo de aftas bucales pero en presentación tópica (crema) y no oral, además el medicamento deberá iniciarse lo más pronto posible ya que a medida que avanza el cuadro clínico el medicamento se hace menos efectivo para la resolución de los síntomas, éste es un medicamento antiviral, por lo que si puede controlar las infecciones virales que producen las aftas bucales.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.