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No está descrito que el uso de un anticonceptivo de emergencia intervenga con la efectividad del anticonceptivo de uso habitual (inyección), es decir que si deberías estar protegida.
Por otro lado, para el momento de la relación sexual ya te encontrabas protegida por lo que considero que el uso de un anticonceptivo de emergencia fue innecesario.
Recuerda que la efectividad de éstos medicamentos depende de un uso disciplinado, además sugiero el uso habitual del preservativo dado que éste además de brindar protección anticonceptiva, te protege contra enfermedades de transmisión sexual.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.