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Es muy poco probable que estés embarazada dado que tu prueba de embarazo fue negativa. Con el uso de métodos anticonceptivos inyectables pueden producirse alteraciones de los ciclos menstruales, ya sea sangrados irregulares o cambios en la periodicidad de tus ciclos menstruales (más o menos frecuentes).
Espero haber respondido tu pregunta, déjame saber si tienes alguna duda adicional.