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No, no afecta el anticonceptivo, pero debes saber que por el tiempo que utilices fluconazol (hasta por 1 semana) no puedes tener relaciones sexuales ya que no tendrías un buen tratamiento, esto no es porque disminuya el efecto del anticonceptivo es porque disminuye el efecto del tratamiento para tu infección vaginal y es posible que tengas que usar otro tratamiento.
Estaré al pendiente de tus dudas.