¿es malo tener relaciones sexuales si ella tiene la menstruación y tiene un tratamiento de levotiroxina de 50g?

En teoría no es malo.

Podria ser poco higiénico, pero NO es malo. Además el hecho que ella tome levotiroxina, no significa ninguna prohibición para tener relaciones sexuales durante la menstruación.

Por el momento no deberías preocuparte, porque esto no va a causar ningún problema en la salud de la mujer o tuya, pero sí deberías procurar tener relaciones durante otros momentos del ciclo menstrual.

Espero haberte ayudado y estaré atento tenés más dudas para poder orientarte