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La efectividad anticonceptiva de los anticonceptivos orales es mayor al 99% siempre que se usen de forma adecuada, sin retrasos ni olvidos, ésto significa que al usarse de forma disciplinada (cómo es tu caso), las probabilidades de embarazo son menores al 1% (muy muy bajas).
Por otro lado, la irregularidad del ciclo menstrual es un efecto secundario relativamente frecuente de los anticonceptivos hormonales (pastillas, inyecciones, implantes), por lo que considero que lo más probable es que tu manchado se presente por el medicamento (efecto secundario) y no por un embarazo.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.