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La irregularidad del ciclo menstrual es uno de los efectos adversos más comunes de los anticonceptivos hormonales (pastillas, inyecciones, implantes, etc), pudiendo producir sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, aumento o disminución de la cantidad de sangrado, entre otros.
Lo más probable es que el sangrado intermenstrual y la poca cantidad de sangrado de tu periodo sean un efecto secundario del medicamento.
Recuerda que independientemente de tu ciclo menstrual, el tiempo que debe transcurrir entre una inyección y otra es de 27-33 días para que el efecto anticonceptivo se mantenga.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.