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No son lo mismo, son dos antibióticos de familias diferentes.
Se diferencian en su estructura molecular, en el tipo de antibiótico, en el mecanismo de acción, en algunos aspectos de su farmacocinética y su farmacodinamia, sin embargo pueden tener algunos microorganismos diana similares (gramnegativos), por esto pueden utilizarse en entidades totalmente diferentes o algunas entidades en común.
Para darte la información médica completa, la ciprofloxacina hace parte de la familia de las quinolonas, y posee una doble estructura de anillo con residuo N en posición mas un átomo de flúor, se considera bactericida, y su principal mecanismo de acción es la inhibición de la enzima ADN girasa, dentro de su espectro aplica mayor actividad sobre gramnegativos, y es la quinolona con mayor actividad sobre la pseudomona aeruginosa, tienen moderada actividad contra grampositivos, y acción contra gérmenes atípicos.
La amoxicilina hace parte de la familia de las penicilinas, las aminopenicilinas, tienen mayor resistencia a las betalactamasas y mayor capacidad de penetración en bacterias gramnegativas. Además en tu caso asociado al acido clavulánico, siendo este un inhibidor de betalactamasa, conteniendo en su estructura un anillo betalactámico, en este caso no tienen acción antibiótica pero por su afinidad por las betalactamasas, (enzimas de bacterias que destruyen la actividad de los betalactámicos) recuperan la actividad perdida de estas.
Teniendo en cuenta que no son el mismo antibiótico pero podrían en ocasiones utilizarse como opción para una misma entidad, te recomiendo que para su uso, siempre acudas al médico, siendo el quien, con todo el conocimiento del caso, te indique que antibiótico debes tomar y su prescripción medica completa en base a la valoración detallada (historia, examen físico y laboratorios si son pertinentes) y diagnóstico definitivo.