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La efectividad de los anticonceptivos hormonales inyectables cuándo se usan de forma adecuada (sin retrasos ni olvidos) es mayor al 99%, es decir que las probabilidades de embarazo son muy muy bajas (menos del 1%).
Dado que el uso del anticonceptivo de tu parte es disciplinado y adecuado, considero poco probable que tus síntomas estén asociados a un embarazo.
Por otro lado, uno de los efectos adversos de éstos medicamentos es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo dar lugar a sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, por lo que tus síntomas podrían asociarse al medicamento o incluso al mismo proceso infeccioso de la cistitis.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.