Las principales indicaciones que una colonoscopia son: la diarrea de larga evolución, el cambio reciente del ritmo intestinal, la emisión de sangre a través del ano, el dolor abdominal no diagnosticado tras un estudio con otros métodos y casos en que se quieren descartar tumores de colon en personas en riesgo mayor de padecerlos (antecedentes personales o familiares de cáncer colo-rectal o con ciertas enfermedades intestinales crónicas como la colitis ulcerosa). Con respecto a si la a persona puede presentar cáncer de colon después del procedimiento como parte de una complicación de este, la respuesta es no. Ahora si el examen es normal esto no quiere decir que esta persona por razones genéticas o por hábitos y estilos de vida no pueda llegar a presentar en algún momento de su vida dicha patología. De alguna forma es incierto saberlo. Con respecto a la frecuencia del procedimiento esto dependerá directamente del criterio médico del especialista tratante.