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El mal olor en las secreciones oculares no es un síntoma usual, aunque en caso de presentarse la primera impresión diagnóstica es conjuntivitis infecciosa, sobre todo si se asocia a enrojecimiento ocular o lagrimeo. En tal caso, sería conveniente una evaluación física para confirmar el diagnóstico e iniciar antibiótico en forma de colirios, o referir con el especialista debido a requerimiento de estudios especializados.
Espero haber resuelto tu duda, quedo pendiente de cualquier situación.