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La respuesta a tu pregunta es no, dado que la rasquiña fue 2 días después de la colocación del medicamento, para éste momento el anticonceptivo ya debió haberse absorbido y comenzar a actuar por lo que no va a producir interferencia con el efecto anticonceptivo.
Si presentas rasquiña muy intensa, que la piel se ponga muy roja, si hay dolor intenso o inflamación, debes consultar con tu médico para que te revise y establezca si puedes estar cursando con un proceso infeccioso o inflamatorio a éste nivel, además te sugiero evitar rascar el sitio de la punción, dado que con las uñas puedes lesionar la piel y dar lugar a infecciones.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.