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En caso de que llegues a presentar dolor pélvico intenso, sangrado vaginal abundante o persistente, fiebre, si el sangrado comienza a presentar mal olor, si hay dolor con las relaciones sexuales, debes consultar de forma prioritaria ya que éstos pueden ser signos de alarma.
Uno de los efectos adversos de los anticonceptivos hormonales (pastillas, inyecciones, implantes) es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo producir sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, por lo que pienso que tú sangrado podría estar más relacionado al uso del anticonceptivo que a problemas de la tiroides (a menos que la función de la tiroides no esté controlada).
Existen medicamentos de venta libre que son usados para el manejo de cuadros inflamatorios y de dolor cómo el naproxeno o ibuprofeno, sin embargo éstos medicamentos ayudan a controlar éste tipo de sangrados ginecológicos, aunque no es un tratamiento específico ni definitivo.
Por lo que en caso de que el sangrado persista, te recomiendo consultar con tu médico para que a su criterio, determine si requieres estudios adicionales y qué tipo de tratamiento requieres.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.