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No, no hay ningún efecto adverso al tomar estos dos antibióticos al mismo tiempo. Esto quiere decir que ningúno va a afectar la acción del otro, y tampoco va a causar daños en tu cuerpo.
Sin embargo la diarrea podría explicarse por el antibiótico inicial que estabas tomando. Aunque debes confiar en tu médico, y si el te formuló los dos, es porque pro a le ente los necesites.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.