Me atraganto a media noche y despierto tosiendo,que puede ser?

Tu atragantamiento y tos nocturna puede deberse a varias causas:  

1. Si presentas flemas, las cuales pueden venir de tus senos para nasales (cavernas dentro de tu cara a los alrededores de tu nariz) puede que estas al escurrir estimulen tu laringe (parte iniciar de tu tracto respiratorio) donde hay receptores que estimularán la tos, para intentar expulsarlas y que no te ahogues. 
2. Algo que sucede, de forma frecuente en muchas personas, es que padecen de una condición llamada reflujo gastroesofágico. El reflujo gastroesofágico es una condición en la que el contenido del estómago (ácido clorhídrico o alimentos) se devuelven por el esófago hasta partes muy altas como la faringe y la laringe. Esto se presenta predominantemente en las noches o cuando el paciente se encuentra acostado. Al contacto de dicho contenido ácido con las zonas faríngea y larígeas, igual que en el caso anterior, se producirá el reflejo de la tos; muchas de estas personas despiertan con sensación de "atragantamiento" y con contenido espeso y ocasionalmente amargo en la garganta. 
3. Otra condición es que tengas flema abundante en tus pulmones (por resfriado común o inflamación bronquial) que durante la noche se movilicen y generen sensación de tos. 

Mi recomendación es que trates de evaluar si presentas mucosidad continua en áreas como tu nariz, si te atragantas normalmente al comer, presentas tos desde hace algún tiempo con o sin flemas o si presentas sensación de movilización constante de contenido de tu estómago sobre la parte interna de tu pecho. En todo caso, deberás ser evaluado por tu servicio de salud, para detallando estos síntomas, puedan conocer exactamente tu caso y determinar si hay necesidad de estudios adicionales.

Espero haber sido de ayuda, recuerda que si te surgen nuevas dudas, podrás consultarnos.