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La respuesta a tu pregunta es si, siempre que se tenga relaciones sexuales existe riesgo de embarazo, pero dado que estabas usando un método anticonceptivo inyectable y además tomaste un anticonceptivo de emergencia, las probabilidades de embarazo son muy muy bajas.
Considero que la toma del anticonceptivo de emergencia era innecesaria y además, la prueba de embarazo que hiciste tiene casi un mes de diferencia con el día de la relación sexual, lo que significa que el resultado ya es confiable y considero que podría descartarse un embarazo cómo la causa de tus síntomas.
Por otro lado, los anticonceptivos que contienen hormonas, ya sean pastillas, inyecciones, implantes, etc, pueden producir alteraciones del ciclo menstrual, sin embargo es difícil indicar con certeza cuál de los 2 anticonceptivos (la inyección o el de emergencia) te causo la ausencia de tu periodo.
Así que si el retraso persiste puedes consultar con tu médico, si éstos síntomas son incómodos para ti, puedes considerar cambie de método por uno que toleres mejor, espero haber podido ayudarte y orientarte.