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En efecto, la uretra (parte final del sistema urinario de los hombres) es más larga que la de las muebles, lo que los hace mucho menos propensos a padecer infecciones urinarias, por lo que concuerdo con tu médico al indicar que éste cuadro no es común en hombres.
Por otro lado, si bien los síntomas de las enfermedades de transmisión sexual pueden causar síntomas parecidos a la infección urinaria cómo ardor al orinar, no suelen causar tenesmo vesical (ganas continuas de orinar), además es común que las ETS produzcan flujo por la uretra (por el pene) el cuál no refieres haber presentado.
En conclusión, para poder hacer un diagnóstico preciso, es necesario el estudio de la orina o del flujo uretra (si lo presentabas) para establecer cuál presentaba la infección, pero con los síntomas que describes, considero más probable que se trate de un cuadro de infección en la orina.
Recuerda el uso habitual del preservativo dado que éste además de brindar protección anticonceptiva, te protege contra enfermedades de transmisión sexual, espero haber podido ayudarte y orientarte.