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Al tener relaciones sexuales, los espermatozoides ingresan al cuerpo de la mujer para ir a fecundar al óvulo, éste proceso de la fecundación ocurre hacia las 72 horas de la relación sexual y más o menos a los 7 días de la fecundación, el óvulo se anida en el útero para que el embarazo continúe.
Teniendo en cuenta lo anterior, se sugiere que la prueba de embarazo en sangre se tome a los 10-14 días de la relación sexual y en orina a las 3 semanas, en tu caso considero que el segundo resultado si es confiable y dado que además usaste un método anticonceptivo de barrera (preservativo), podría descartarse un embarazo.
Por otro lado, varias condiciones cómo la alimentación, estrés, ejercicio, cuadros infecciosos, pueden alterar el ciclo menstrual dando lugar a irregularidades del periodo, así que tu retraso si podría deberse al cuadro infeccioso de la vía digestiva.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.