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Es muy difícil esta diferenciación, pero el sangrado por implantación usualmente ocurre en días diferentes al de tu ciclo menstrual y en menor cantidad y menos días.
Mientras que la menstruación tiende a conservar su intensidad y duración.
Si usaste preservativo de una forma correcta no deberías preocuparte, es altamente probable que el sangrado sea por la menstruación y no por una implantación.
Sin embargo debes estar atenta, siempre es mejor desconfiar en estos casos. Si tienes dudas fuertes, espera 1 semana y hazte una prueba de embarazo.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.