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Uno de los efectos secundarios de los anticonceptivos que contienen hormonas (pastillas, implantes, inyecciones, etc), es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo producir sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, si la toma del anticonceptivo ha sido adecuada y disciplinada (sin retrasos ni olvidos), las probabilidades de embarazo son muy muy bajas (menores al 1%) y ésto significa que lo más probable es que tus síntomas sean secundarios al anticonceptivo.
Por otro lado, la única forma de descartar un embarazo es con una prueba que arroje un resultado negativo, los anticonceptivos no interfieren con el resultado del examen por lo que el reporte que obtengas será confiable, siempre y cuándo realices la prueba en el periodo de tiempo establecido (en sangre luego de 10-14 días de la relación sexual y en orina luego de 1 semana de retraso ó 3 semanas de la relación sexual).
Espero haber podido ayudarte y orientarte.