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Se podría considerar como una posible causa de las aftas la presencia de bacterias anales que agreden la mucosa oral, pero no es algo que se pueda asegurar del todo. Las aftas bucales o estomatitis generalmente no tienen una explicación clara y pueden estar relacionadas con trauma, estrés, determinados alimentos, desequilibrio hormonal, tabaco, actuación de virus o bacterias, deficiencias vitamínicas y factores inmunológicos. Estas lesiones no suelen ser contagiosas, pero de nuevo depende directamente de la causa, si es bacteriana o viral podría llegar a reproducirse en otras personas.
El tratamiento generalmente está dado por geles tópicos, cremas y pomadas de corticoides tópicos y de otras sustancias como el amlexanox (5%), prostaglandinas, interferón, doximicina-cianoacrilato e hidropropilcelulosa, los cuales deben ser indicados preferiblemente por un médico. Si las lesiones han sido a repetición puede ser necesaria una valoración médica.
El uso de un método de barrera como preservativo masculino o femenino es totalmente necesario y un acto de responsabilidad en cualquier tipo de contacto sexual para prevenir el contagio de enfermedades de transmisión sexual (ETS) siendo además un excelente método anticonceptivo.
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