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No, no puedes tener relaciones sexuales vaginales si te conoces con infección vaginal, si no utilizas protección puedes infectar a tu pareja causándole una Uretritis (inflamación de la uretra por infección), si utilizas condón el medicamento puede afectar la estructura del condón causando una ruptura de este.
Si decides tener una relación sexual anal, te sugiero que usen preservativo y lubricantes a base de agua.
Te recomiendo que termines tu tratamiento y posterior a eso seas valorada por un médico, el te indicará si ya no tienes la infección.
Espero te sirva mi respuesta, estaré al pendiente de futuras dudas que puedan surgir.