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En caso de que llegues a presentar dolor pélvico, flujo vaginal ó sangrado vaginal fétido, fiebre, dolor con las relaciones sexuales, náuseas o vomito, debes consultar de forma prioritaria ya que éstos podrían ser signos de alarma.
Los anticonceptivos que contienen hormonas (pastillas, inyecciones, implantes, etc), tienen un efecto secundario relativamente frecuente que es la irregularidad del ciclo menstrual, dado por sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo.
Pienso que es probable que el manchado que actualmente presentas se deba al anticonceptivo, recuerda que si cambiaste el método anticonceptivo para una inyección mensual, debes administrarla cada 27-33 días para que el efecto anticonceptivo sea adecuado.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.