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No, no hay opción de que afecte los intestinos o el estómago.
Existen dos probabilidades infecciosas por las cuales te puede arder la uretra :
1. Por una uretritis, que es una infección en la uretra que usualmente es por enfermedades de transmisión sexual, requiere de algún tratamiento antibiótico y puede complicarse hasta infectar el epidídimo, el testículo o los riñones.
2. Una infección urinaria que en ocasiones puede producir ardor al orinar y éste síntoma puede ser similar al que tú describes, si no recibe un antibiótico de forma temprana puede aumentar y afectar la vejiga y los riñones, pero no va a afectar el estómago ni al intestino.
Cabe recordar que si alguna de estas dos patologías no se tratan y empeoran, hasta una forma muy muy severa pueden llegar a afectar todo el cuerpo de forma sistémico.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.