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Las pastillas del día siguiente no tienen un efecto abortivo. Su función es "tirar" el tejido endometrial (el que se cae cada mes) para que, en caso de que el óvulo haya sido fecundado, no se pueda implantar, y por ende no pueda desarrollarse un embarazo.
En cuanto a las molestias estomacales, pueden ser secundarias a diferentes causas: alimentos en mal estado, periodos de estrés, irregularidades de la misma menstruación, periodos de estrés, etc.
En caso de que las molestias persistan, te recomiendo acudir con tu médico para una valoración más completa. Al mismo tiempo, puedes pedir una asesoría para el uso de otros métodos anticonceptivos como el preservativo u hormonales contínuos, ya que las de emergencia son muy agresivas, y no se recomienda su uso de forma habitual.
Quedamos atentos a cualquier duda futura que puedas tener.