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El algodoncillo es causado por un hongo del tipo Cándida. La clindamicina es un antibiótico específico para bacterias, que se usa como prevención de infecciones en los procedimientos dentales en general; por lo que no es un tratamiento adecuado para la molestia que mencionas.
Actualmente, los tratamientos antimicóticos disponibles como la nistatina requieren proscripción médica, por lo que es necesario que acudas con tu médico para una revisión más amplia, y para que te de las indicaciones para la toma.