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Si te has aplicado la inyección de manera regular, es poco probable que te encuentres embarazada ya que la efectividad de este medicamento es mayor al 98%. Sin embargo como existe un margen de duda, te recomendaría que te hicieras una prueba de embarazo para descartarlo.
Si esta da negativa, puedes estar tranquila y te sugeriría que acudieras por consulta externa a un médico para que evalúen la causa de tu irregularidad menstrual, a ver si esta se debe al uso del medicamento o tienes alguna otra condición que pueda explicarla.