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Es normal y esperado que los primeros tres meses haya alteraciones en el ciclo menstrual cuando se inicia un método anticonceptivo hormonal, ya que tu cuerpo se está ajustando al nuevo influjo hormonal. Además en algunas mujeres el uso de estos anticonceptivos puede hacer que desaparezca la menstruación.
En cuanto al dolor abdominal y aumento de la frecuencia de la micción, puede ser que estés cursando con una infección urinaria, por lo cual, te recomendaría asistir a un servicio médico para valoración.
Es poco probable que te encuentres embarazada dado que te has aplicado la inyección de manera regular y además utilizas preservativo.