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El preservativo es un método anticonceptivo de barrera que además te protege contra enfermedades de transmisión sexual, la efectividad de éste tipo de dispositivos es mayor al 99% siempre que no haya falla, es decir que no se rompa ni haya derrames.
Para responder a tu pregunta considero que el flujo marrón que actualmente presentas no es secundario a un embarazo (las probabilidades son muy muy bajas), sino a otra causa, algunas de las causas de éste tipo de flujos son:
Si los síntomas persisten ó llegas a presentar dolor pélvico, flujo vagibal fétido, fiebre, dolor con las relaciones sexuales, náuseas ó vomito, debes consultar para que tu médico te revise.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.