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En caso de que el dolor pélvico sea intenso, si hay flujo vaginal fétido, que tengas sangrado abundante, fiebre, ó vómito persistentes, debes consultar de forma prioritaria ya que éstos pueden ser signos de alarma.
No me queda muy claro si el flujo marrón es sangrado ó simplemente manchado (es decir es escaso), pero algunas de las causas de éste tipo de síntomas son:
Para poder establecer una causa específica de los síntomas se requiere de una valoración médica completa en la cuál se integre examen físico e historia clínica, incluso puedes requerir estudios diagnósticos adicionales por ejemplo ecografía pélvica, así que si el sangrado continúa, debes consultar para que un profesional te revise un tratamiento adecuado, por ejemplo el sangrado debido a la ovulación que ocurre hacia mitad del ciclo, dura no más de 3 días y debe resolver de forma espontánea.
Hay medicamentos que normalmente se usan para el manejo de cuadros inflamatorios y de dolor, pero pueden ayudar a controlar éste tipo de sangrados, peso si el flujo persiste si debes consultar para que tu médico pueda revisarte.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.